Le 25 août 1966, le Général de Gaulle de passage à Djibouti fut accueilli par des banderoles demandant l’indépendance, un mois plus tard le 26 septembre 1966 l’annonce d’un prochain référendum mit ce territoire français en ébullition.
Un résultat inattendu
Dès l’annonce des résultats définitifs du référendum du 19 mars 1967, sur le territoire français situé dans la Corne de l’Afrique, nommé depuis 1896, «la Côte française des Somalis,» des émeutes éclatèrent, entraînant bouclage des quartiers et expulsion des étrangers somaliens. L’armée française, en état d’alerte, surveillait tant les troupes éthiopiennes que somaliennes, massées aux frontières du T.O.M.
La consultation de 1967 eut des effets opposés aux aspirations initiales, non seulement Ali Aref Bourhan, conduit aux fonctions de Président du Conseil du gouvernement, préservait ses prérogatives, mais encore la France maintenait sa présence. Les résultats du référendum du 19 mars 1967 furent sans appel, pour demeurer un territoire français. En chiffres 22 555 oui et 14 666 non.
La répartition des voix correspondait à la physionomie ethnique du corps électoral : les Afars penchèrent pour le maintien de la présence française. En juillet 1967, elle donna au territoire un nouveau statut – l’autonomie interne était renforcée, sans aucune évolution possible vers l’indépendance. Par ailleurs, pour tenir compte des réalités humaines, le territoire devint le territoire français des Afars et des Issas. Quant aux Issas-Somalis, ils furent écartés des principaux postes décisionnels ou des emplois publics. La rupture entre les deux communautés était consommée, donnant de 1967 à 1973, une alternance de tensions et d’accalmies.